西汉末年，外戚王莽掌握了朝廷大权，在元始五年（5年），杀死汉平帝，在初始元年（8年）称帝，改国号为“新”，这就是历史上的新朝。王莽执政后，实行了一系列的改革，使社会矛盾日益激化，引发了农民起义。更始元年（23年），在绿林、赤眉等起义军的打击下，新朝灭亡。建武元年（25年），刘秀称帝，建立汉朝，由于都城定在西汉国都长安东面的洛阳，因此在历史上被称为东汉。
（1）光武帝时期
据班固《汉书·地理志》中的记载，在西汉末期的平帝元始二年（2年），共有汉郡八十三，诸侯王国二十。后来又增设了广宗、广世、广川三个诸侯王国，所以共计有一百零六个郡国。由于经历了王莽新朝，西汉的旧诸侯王国，到了东汉初年已经与汉郡没有什么大的差别了，王国的名号也被同名的汉郡所代替。因此，在东汉初年，全国实际上划分为一百零六个郡。
在光武帝刘秀彻底统一天下的第二年，即建武十三年（37年），他便开始着手对现存的行政区划进行调整。西汉诸侯王国自从汉武帝实行“推恩”令之后，领域变得越来越小，到西汉末年时，许多诸侯王国已只有几个县或一个县的领域了，实际上已经丧失了作为郡一级行政区划的地位。建武十三年，被省并的十个故西汉十国便属于这样的一些王国，它们的属县大多只有四五个左右，因此这十个王国的省并已属必然（参见《东汉光武帝建武十三年省并西汉十王国示意图》）。
十王国中的真定、河间、城阳、淄川、泗水、广阳等六国，在省并之前，都曾被光武帝重新分封为王国。这是因为，在东汉初年，群雄割据，光武帝为尽快结束这一局面，便需要刘姓宗室和西汉旧贵族势力的支持。因此，在建武元年到七年之间，他便先后分封宗室和西汉故王以及故王之子十人为诸侯王，这十个诸侯王国依次是：中山、鲁、城阳、泗水、淄川、真定、广阳（后来徙封为赵）、太原（后来徙封为齐）、长沙、河间。然而，为了避免这些诸侯王的势力过大，日后形成新的割据力量，重蹈西汉初年的覆辙，光武帝在分封诸侯王的领域上颇费了一番心思，除去太原国外，其余的九国皆封于西汉故王国境内。这是因为西汉故王国领域狭小，并且彼此不相毗连，这样所分封诸侯王的势力便不能在地域上连成一片，从而使他们徒有虚名而已。所以，当这些诸侯王的作用发挥完毕之后，光武帝的一道诏书便可以把他们降爵为侯，上述被省并的真定等六国，正是适应了光武帝封王时所考虑的条件，因而被列入了所封的十个诸侯王国之中，并在真定王等诸侯王降封之后，又将真定等六国并入汉郡。这其中，彻底清除原诸侯王的残余势力的目的，不能说没有。
另外被省并的四个诸侯国分别是高密、胶东、广平、六安。在这四国中，除六安国外，其余三国的省并，实与东汉初年分封异姓诸侯功臣有关。在东汉初年统一天下的过程中，邓禹、贾复及吴汉三人，曾为光武帝立下过汗马功劳，于是邓禹被封为高密侯，贾复被封为胶东侯，吴汉被分封为广平侯。东汉初年所出现的这种侯国下领数县的现象，与西汉侯国仅领有一县的情况非常不同，可以说是东汉的一个创举。之所以如此，是因为从汉高袓以来，便有“非刘氏不王”的约定，光武帝自然也要遵循。但是邓禹等开国元勋，功绩实在太高，理应封王，于是光武帝便采取了一种折中的方式，选择了一些地域狭小的西汉故王国领地，来作为功臣侯国的封地。这样，便可以使这些功臣侯既享有诸侯王之实，又不具备诸侯王的名号，达到了奖掖功臣与加强中央集权统治的双重目的。所以从这个角度来看，高密、胶东与广平三国的省并，已属必然。至于六安国的省并，大概是因为领域不大，又加上地处淮南，东汉初年中央政权不便控制的缘故。
东汉初年，除省并了十个诸侯王国之外，一些边地的汉郡也出现了省并，这种情况主要发生在北部与西北部边地。在建武十年到二十年间，由于北部与西北边境经常遭到匈奴等部族的侵扰，定襄、云中、五原、朔方、北地、雁门、代、上谷等八郡先后被省并，原郡的人民就近内迁。建武二十六年（50年），南匈奴归附，上述八郡郡民又回到本土。另外，西北部的金城郡，因遭羌族的侵扰，曾在建武十二年省并陇西郡，但一年后，便又恢复了金城郡的建置。
另外，东汉依然承继西汉分封诸侯王的制度。在建武十五年（39年），大司空窦融等人上书，请封皇子。光武帝于是先将皇子辅等十人封为公，两年之后，又将刘辅等九人（临淮公衡在此之前已经病死）由公而进升为诸侯王。这九个诸侯王分别是：东海王阳（建武十九年易阳为强）、中山王辅（建武二十年徙封沛）、楚王英、济南王康、东平王宪、淮南王延、山阳王荆、左翊王焉（建武三十年徙封中山）、琅邪王京。
这些诸侯王的封域，除中山王辅、东海王强兼食二郡外，其他的诸侯王都只领有一郡的地域，而且彼此分散，互不相连。这与西汉初年高帝所封十王国的封域广大、每国都领有数郡、各国又在地域上连成一片、总封域占当时全汉疆域一半以上的局面是迥然不同的。这种情况说明光武帝已吸取了前朝的教训，使分封的诸侯王徒具虚名，所封之国只是供他们“衣食租税”而已。
要之，终光武帝一朝，形成了十二王国、八十一汉郡的格局。
（2）明帝时期
明帝继位之后，进一步着手巩固中央政权，因此在分封皇子为诸侯王时，显得比光武帝还要谨慎，史书上就记载了这样一则故事：有一次，明帝翻看地图，准备分封皇子为诸侯王，考虑让他们将来只食各自王国内的一半租税。马皇后看见后，便对明帝说：“各个皇子被裁掉几个县的租税，从制度上说是不是过于苛俭了？”明帝听后，回答道：“我的儿子怎么可以与先帝的儿子一样呢？每年让他们食二千万的租税已经足够了。”明帝在执政期间，先后增设了七个诸侯王国，其中有两个诸侯国是从原来的汉郡中分出的，由此也可以看出，诸侯王国的规模确实不大。
不仅东汉诸侯王国的规模不大，而且这些诸侯王更进一步与王国脱离关系，不要说他们不管理王国内的百姓，有时甚至都不到所封的王国里去，只是留在都城洛阳享用该国的租税。同时，中央对诸侯王的控制监视也逐渐严密起来，特别是到了明帝时，与各个诸侯王的关系已不如光武帝时那样亲近，对诸侯王的防范也就自然加强了。有关北海敬王刘睦的事情，就很可以说明这一点。刘睦在光武帝时曾广结宾客，但是到了明帝时，由于法律变严，他为了明哲保身，少生是非，便把所养的宾客全部辞退，而把精力转向了音乐方面，用以消遣度日。
所以，从以上情况可以看出，虽然东汉推行的仍是郡国并行制，但实际上这些王国已与汉郡没有什么大的差别，完全可见视为一般的汉郡了。
在汉郡的设置方面，永平年间也有所变化。明帝在西南哀牢地区设立了永昌郡。东汉疆域版图与西汉相较，大多数地区都已内缩，只是在西南地区比西汉时期向外有所延伸，这延伸的地域便是永昌郡。
西汉武帝时曾对哀牢地区进行过征伐，通博南山，渡兰沧水，并夺取了哀牢北部而设立了雟唐、不韦两个县，作为汉益州郡西境内的属县。这之后，哀牢转向衰落。到了东汉光武帝建武二十七年（51年），哀牢贤粟等率种人内属汉朝，光武封贤粟为君长，从此之后，年年来朝贡。
明帝永平十二年（69年），哀牢王柳貌派遣他的儿子率领种人内属汉朝。明帝以其地设置了哀牢、博南二县，又把益州郡西部都尉所统领的六个县划出，合并而组建了永昌郡。
永昌郡统辖地区十分广阔，不仅包括了今天云南省的大部分地区，而且还辖有今缅甸的东部。然而永昌郡所统领的八个县，都分布在永昌郡的东北，即原属益州郡的领域之内，大部分原哀牢地区却没有一个县，而这些地区恰恰是哀牢人所居住的地方。由此可见，哀牢王仍然具有很大的势力，汉朝对哀牢地区的统治还是有一定限度的，对当地经济的开发也是极其有限的，汉朝在这一地区所采取的也只能是轻徭薄赋的政策，因而永昌郡的建立，实际上还没有完全去掉羁縻的色彩。
此外，还需要说明一点，东汉依然承袭西汉在西南夷地区逐步推进的经营方式，也就是用已设立的旧郡部分地为基础，合以新开地而设置新郡，永昌郡就是如此。这种方式是为了以先进带后进，有利于巩固已有的在这些地区的政区建置。
到永平十五年（72年），共计有王国十七、汉郡七十九（参见《东汉明帝永平十五年十七王国示意图》）。
（3）安帝时期
安帝在位时，在行政区划方面采取了一项新的举措，让位于边地的主要属国领县治民，等同汉郡。
“属国”这个名称，实际上可以追溯到战国。战国时代，在秦国的兵器铭文中已出现了“属邦”一词。秦代建立后，仍然称为“属邦title();