（1）实土与非实土都司卫所

　　明代中央政府的直辖版图实际上是由两种类型的地域组成的，一是布政使司府州县系统，一个则是都司卫所系统。

　　都司卫所，是明代的地方军事机构。在宣德年间，都司卫所的设置成为定制。全国一共有十六都司、五行都司和二留守司。明代的十三布政使司都各有一个都司，长官称为都指挥使，与布政使司同治一地，掌管一省的军政，统辖所属卫所。这十三个都司是：①山东都司，治济南府；②浙江都司，治杭州府；③江西都司，治南昌府；④福建都司，治福州府；⑤湖广都司，治武昌府；⑥山西都司，治太原府；⑦河南都司，治开封府；⑧广东都司，治广州府；⑨广西都司，治桂林府；⑩陕西都司，治西安府；⑪四川都司，治成都府；⑫贵州都司，治贵阳府；⑬云南都司，治云南府。

　　至于其他三个都司及其所统辖的卫所，全都设置在边地，这三个都司的名称是：①辽东都司，治所在辽中卫（今辽宁辽阳），统辖相当于今天辽宁省的大部分地区；②大宁都司，先治大宁卫（今辽宁宁城西），辖区相当于今天河北长城以北及辽宁西拉木伦河以南地区，永乐元年（1403年），治所内迁到保定府（今河北保定）；③万全都司，治所在宣府左卫（今河北宣化），辖境与今天河北省内外长城间的赤城、怀来以西与宣化、阳原以北地区大致相当。

　　行都司设在“边境海疆”之地，治所不设在省会城内，用来辅助本省都司，管理一部分卫所。明代先后设置了以下的行都司：陕西行都司，治所设在甘州卫（今甘肃张掖）；山西行都司，治所设在大同府（今山西大同）；福建行都司，治所设在建宁府（今福建建瓯）；四川行都司，治所设在建昌卫（今四川西昌）；湖广行都司，治所设在郧阳府（今湖北郧县）。

　　留守司主要是为了守护皇陵而设立，长官称为留守。洪武十四年（1381年）在安徽凤阳府朱元璋的老家设置的中都留守司，就是专门守护皇陵的；而嘉靖十八年（1539年）在湖广承天府（今湖北钟祥）设立的兴都留守司，就是为了专门守卫显陵（嘉靖皇帝父亲的陵墓）的。

　　都司、行都司原来都是隶属于大都督府的，朱元璋为防止中央军权过于集中，在洪武十三年（1380年）下令，分大都督府为五军都督府，于是都司与行都司又改属五军都督府。嘉靖以后，浙江、山东、辽东都司属左军都督府；陕西、四川、广西、云南、贵州都司及陕西、四川行都司属右军都督府；中都留守司、河南都司属中军都督府；兴都留守司、湖广、福建、江西、广东都司及湖广、福建行都司属前军都督府；大宁、万全、山西都司及山西行都司属后军都督府。

　　在都司与行都司之下，设有卫所。卫所军是明朝的常备军，按卫、所两级进行编制。卫是卫指挥使司的简称；所又分千户所及百户所。明太祖朱元璋在统一全国的过程中，下令废掉元代的枢密、平章、元帅、总管、万户等官号，而把他们所率领的部下，每五千人为指挥，千人为千户，百人为百户，五十人为总旗，十人为小旗。

　　洪武元年（1368年），刘基奏立军卫法，分屯设兵，控扼要害，于是在京师和全国各地便星罗棋布地设立了许多卫所。一般来说，军事重要的一府之地设所，数府地区设卫。到了洪武七年（1374年）更定制度，每卫设前、后、中、左、右五个千户所，如不止五所，则用前前、后后、左左、右右、中前、中后、中中、中左、中右等名。大约以五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百一十二人为一百户所。一卫统领十千户所，一千户所统领十百户所，每个百户所统领二总旗（每五十人为一总旗），一总旗统领五小旗（每十人为一小旗）。卫的长官称指挥使，所的长官叫千户、百户。另有守御千户所，独处一地，以守御某地为名，除少数隶属于卫外，大部分都直属于都司。此外，还有以农牧为主的屯田、群牧等千户所。

　　卫所又有京卫和外卫的区别。京卫除上直卫亲军及部分非亲军卫外，隶属于五军都督府；外卫即驻在地方的卫所，两直隶的隶属于五军都督府，其他的则隶属于都司、行都司、留守司。另有护卫王府的王府护卫和掌管侍卫仪仗的仪卫司，等级与千户所相同。明朝的卫所置废无常，根据史书的记载，明朝初年有内外卫三百二十九个，守御千户所六十五个，到了明朝末年，变为四百九十三个卫，二千五百九十三个所，三百一十五个守御千户所。

　　卫所军兵由特定的军户充当，从来源上看，大体可以分为“从征”、“归附”、“谪发”、“垛集”等四类。“从征”就是原来参加农民起义军的诸将所部兵；“归附”就是元朝军队、元末各起义部队和割据势力部分向朱元璋投降的人；“谪发”就是由于犯罪而被罚充军的人；“垛集”就是征兵。其中的最后一类“垛集”，是明朝卫所军队的最大来源。这些军户都别立户籍，称为军籍。在明朝，军籍和民籍是有严格的区分的。军籍属于都督府，而民籍属于户部。卫所军士不受普通行政官吏的管辖，在身份、法律和经济地位上都与一般的平民百姓不同。如果普通的民户中有一丁被招募成为了兵士，他的一家人便要永远从军，不能再脱离军籍，成为世袭，而且还要住在被指定的卫所内。在卫军士除本身为正军外，其子弟称为余丁或军余，将校的子弟则称为舍人。壮丁死亡或老病，便由次丁或余丁替代。如果卫所军士一家已全部死亡，那就必须到原籍勾取同族的人前来顶丁。

　　明代都司卫所的任务是对外防止侵略、巩固边防，对内镇压人民的反抗、维护中央集权的统治。国家有事，便由中央政府任命将领担任总兵官，率领卫所军士前去征战。等到战争结束后，总兵官返回朝中，军士们则回到自己原来的卫所驻地。

　　起初都司卫所设置时，是纯粹的军事机构，与地方行政没有任何关系。但后来随着边境府州县的废除，该地民政便归于都司卫所兼管。同时，在不设府州县的地区又设置了都司卫所，既管军事，又负责民政。这些卫所不仅是军事组织，同时也是地方上的一级行政区划，史书上把这部分地区的卫所，叫做实土卫所。其中的卫与府州相当，而所又与州县大致同级。至于内地的卫所，由于设置在府州县境内，军户及屯田错杂于民间，不能自成区域，只是纯粹的军事组织，因此被称为非实土卫所。

　　在明代的十六个都司、五个行都司当中，也有实土与非实土之分。辽东都司就全是实土，万全都司大部分为实土，大宁都司初治大宁路时全为实土，后来内迁侨治在北直隶保定府境内后，便不再有实土。内地的十三个都司及其所辖的卫所，由于设在各省的府州县境内，绝大多数无实土，仅陕西、四川、湖广、云南、贵州五个都司辖有少数的一些实土卫所。在五个行都司中，陕西、四川行都司全为实土，山西行都司初为实土，正统中内迁山西大同府境内后，变为非实土，湖广、福建二行都司无实土。另外，明代所设的二留守司都无实土。明代后期的政区版图是由两京十三布政使司与辽东、万全两个实土都司所组成的。实土的行都司与非实土的都司都是不被作为政区单位来看待的。

　　到了清代初年，都司卫所有的被裁废，有的改置为府州县，于是便不存在了。

　　（2）羁縻都司卫所

　　羁縻都司卫所是明代在少数民族聚居地区设置的都司卫所，由兵部直接统领。这些机构与正式的都司卫所比起来，中央政府对它们的控制较弱，各级长官都由当地的酋长、族首领担任，明代中央政府发给敕书、印信，让他们各统其众，按照当地的习俗进行治理。这种情况与唐代所设立的羁縻府州十分相似。从地理分布上看，这些羁縻都司卫所主要设置在东北、西北和四川西部、青海、西藏地区，与西南的土司、土府州县同为置于少数民族聚居地区的地方政权机构。

　　明朝时，东北黑龙江流域是女真人的居住地，明代中央政府陆续在那里设置了一批羁縻卫所，用以统治或控制当地的民族。永乐元年（1403年），明成祖派遣邢枢、张斌等人前往奴儿干招抚，同年在女真各部设置卫所，第二年设立了奴儿干等卫，任命当地的头目把剌答哈担任了奴尔干卫的指挥同知一职。这是明政府在黑龙江下游设立建置的开始。在此后的五年中，相继又建立了一百三十二个卫所。

　　到了永乐七年（1409年），为了加强对卫所的管理，明政府接受奴儿干卫官员忽刺冬奴的建议，改奴儿干卫为奴儿干都司，任命东宁卫指挥康旺为都指挥同知，千户王肇舟为都指挥佥事。永乐九年（1411年），太监亦失哈等率领一千多名官军，二十五艘巨船，护送康旺等官员到亨滚河口对岸的特林地方，正式设立奴儿干都司，治所就设在元辽阳行省征东元帅府故地特林（今俄罗斯境内的黑龙江与阿姆贡河会合处的蒂尔），奴儿干都司的官员和驻防军都住在这里。奴儿干都司是明代中央政府管辖黑龙江口、乌苏里江流域的最高一级地方行政机构。都司的title();