陈寅恪回国后，在家调养了一年多，于1907年插班考入上海复旦公学，系高中文化程度，同班同学中有后来著名的气象科学家竺可桢和留学德国获海德堡大学史学博士的徐子明。徐氏是江苏宜兴人，戊戌变法时期赞助维新的徐致靖、徐仁铸父子，就是宜兴徐氏家族的人。徐仁铸曾在陈宝箴为巡抚时，任湖南学政，参预新政。创立于1905年的复旦公学，是清末公立新式学堂中颇具现代性的一所学校，该校招收国学功底较深的学生，用英文教授高等普通科学，以使其能直入欧洲专门大学作为办学宗旨。除了英文，该校还规定学生应兼习德文或法文两种外语中的任何一种。而校内所开设课程，除国文、史地等常规课程外，还包括了像拉丁文那样一般新式学堂并不教的西方古典语言课。陈寅恪在上海复旦公学孜孜不倦地学习着英、法、德等国语言，为他后来留学欧美各国打下了坚实的语言基础。

　　1909年陈寅恪从复旦公学毕业，在亲友的资助下，赴德国留学，于1910年考入了柏林大学学习语言文学。虽然远离故土，但陈寅恪的心中却时时牵挂着祖国的安危。1910年日本强行合并朝鲜，激起了他极大的义愤，挥笔写下“惊闻千载箕子地，十年两度遭屠剖。……兴亡今古郁孤怀，一放悲歌仰天吼”的诗句，表达了对朝鲜人民遭受奴役命运的愤慨和对祖国命运的担忧。

　　1911年春，陈寅恪因脚气病复发，需要易地疗养，于是在挪威旅游了二十多天。泛舟北海，挪威旖旎的风光收于眼底，迷人的景色令陈寅恪心旷神怡，但想起在故乡乘黄篾舫遨游的种种乐趣，淡淡的思乡之情又不禁涌上心头。

　　这年秋天，他又转入瑞士苏黎世大学学习。瑞士的冬景格外美丽，陈寅恪曾作《大雪后乘火车登瑞士恩加丁山顶》诗一首：

　　造物作画真奇恢，下笔不假丹与煤。

　　粉白一色具深意，似为俗眼揩尘埃。

　　车行蜿蜒上绝壁，苍龙翘首登银台。

　　杉松夹道戴冰雪，风过撞击鸣琼瑰。

　　碧泉喷沫流涧底，恍若新泻葡萄醅。

　　直须酌取供渴饮，惜我未办玻璃杯。

　　我生东南山水窟，亦涉弱水游蓬莱。

　　每逢雪景辄探赏，何曾见此千玉堆。

　　车窗凝望惊叹久，乡愁万里飞空来。

　　诗中描写了山顶雪景之美，同时抒发了他对祖国的深深眷念。

　　在苏黎世大学期间，陈寅恪认真钻研了德文原版《资本论》，可算得上中国人中阅读德文原版马克思经典著作的第一人。

　　辛亥革命爆发后，陈家从南京逃难到上海，陈寅恪一方面挂念着家人，另一方面由于留学的经费不足，不得不于1912年春天从瑞士返抵上海。回国后的陈寅恪切实感受到了国内政局的巨大变化。辛亥革命迫使宣统皇帝在1912年2月12日颁布了退位诏书，从而结束了中国两千多年的封建帝制。陈寅恪亲眼看到了清王朝被推翻后的社会变革，而深为中国传统文化浸染的他，加上家庭与清王朝的关系，其心情的复杂程度可想而知。他在一首答北京友人的诗中发问：“优游京洛为何世，转徙江湖接胜流。”接着又抒发出“西山亦有兴亡恨，写入新篇更见投”的世道沧桑的感慨和悲凉幽忧之情怀。

　　不久，陈寅恪筹足了学费、生活费、路费等各种留学的费用，再度前往欧洲，于1913年春考入了法国巴黎高等政治学校社会经济部学习。在这里他系统地学习了西方政治经济学的知识，初步形成了从政治、经济、文化等方面分析社会现象的思维方式，这为他后来在隋唐史的研究中取得超越前人的学术成就，奠定了基础。例如他研究佛教就很注意其与隋唐政治的密切关系。在1935年撰写的《武曌与佛教》一文中，陈寅恪指出了隋文帝、隋炀帝与佛教的深厚关系，以及僧徒藉武曌恢复自李唐开国后所丧失的权势，而武曌则转借佛教教义巩固其政治地位的史实，从而得出“宗教与政治终不能无所关涉”，“虽曰宗教史，未尝不可作政治史读也”的结论。又如，陈寅恪对于李唐王朝衰亡的原因也从政治、经济、阶级关系等多个角度进行了分析。首先，他认为关中本位政策被破坏后，唐代统治集团内部发生了明显变化，以科举入仕的寒门庶族和以武力起家的边疆藩镇逐渐控制了中央和地方的权利，形成两种对立的离心力。其次，安史之乱后，李唐王朝的经济依赖东南八道财税的供给，黄巢起义将东南区域的经济几乎全部破坏，又断绝了汴路、运河的交通，李唐政权遂土崩瓦解。

　　陈寅恪在巴黎学习期间的另一收获则是通过王国维先生结识了20世纪欧洲著名的东方学家伯希和（pelliot）。1909年伯希和为一睹敦煌文书真迹来到中国，得以在北京与王国维相识，王国维对伯希和的学术赞不绝口，两人遂得相互论学往来。伯希和早年毕业于法国国立东方语言学校，是著名汉学家沙畹的高足。沙畹，即chavannes，是学术界公认的19世纪末20世纪初世界上最有成就的中国学大师，被誉为国际汉学巨擘。他毕业于法国高等师范学院，1893年任法兰西学院教授，1904年任法国学士院会员，欧洲权威东方学刊物《通报》主编之一。精研中国历史，译注了大量中国史籍，如《大唐西域求法高僧传》、《西突厥史料》及《补编》、《后汉书·西域传》等。在敦煌学研究方面的成果有《斯坦因在东突厥斯坦沙漠中发现的汉文文书》等。其佛学造诣颇深，著有《大唐西域求法高僧传法译》、与莱维合译《悟空入竺记》、《比尔英译宋云使西域记之法译》、《法译五百譬喻选集之法译》、与莱维合编《护法十六罗汉》等。1917年曾到中国调查雕刻碑铭，著有《北中国访古志》、《泰山志》。在《北中国访古志》第二部佛像雕刻篇中，收录了云冈、龙门、巩县石窟的图版解说。伯氏精通汉、藏、蒙、突厥等14种语言，主攻方向是中亚研究，在其所写的汉学论文中有一半是关于西北史地的。他对于中亚地区的各种古代语文也有较深的研究，并借助这些语言工具，研究所见到的各种东方典籍和文物，在当时的东方学界有很高的声誉，并被“全世界治汉学者奉为祭酒”。1908年2月，伯希和从敦煌莫高窟千佛洞里取走了六千余卷极其珍贵的五至十一世纪的手抄卷子，以此为基础在法兰西学院获得了一个以讲授敦煌文献为主要内容的教授席位。陈寅恪少时即受家庭影响，对以沈增植为代表的晚清经世致用派十分推崇。沈氏痛感边疆领土主权遭受列强威胁，便注重探究边疆史地，以开发边地，巩固国防。这种风气对陈寅恪也有所感染。但国人研究西北史地，由于欠缺必要的语言知识，对汉文文献以外的丰富材料一直不能很好地利用，从而极大地限制了这门学问的进一步发展。而西方学者的东方学研究正好可以在这方面弥补国内西北史地之学的缺失。与伯希和结识以后，陈寅恪第一次有机会大量接触到以敦煌文献为主的各种新发现的材料，学术眼界大为拓宽，而伯希和利用其广博语言知识处理各种新材料的本领，更是给陈寅恪留下了极其深刻的印象，引发了他探索西北史地之学的欲望。

　　作为一个掠夺者，伯希和的强盗行径无疑是卑劣可耻的。但作为一个研究东方文化的专家，伯希和的治学方法和研究兴趣对陈寅恪的影响是十分巨大的。陈寅恪在学成回国后执教清华国学研究院的近十年间，其治学路数在很大程度上沿袭了伯氏。具体来说：

　　第一，在敦煌学研究方面，伯希和著有《摩尼教流行中国考》等篇，因此有“中国摩尼教研究的先驱”之称。而陈寅恪有感于当时中国敦煌研究的落后，叹为“吾国学术之伤心史也”，来唤醒和激发国人自强不息，“勉作敦煌学之预流”，“襄进世界之学术于将来”，为祖国争得荣誉。他不仅首创“敦煌学”一词，而且指明了包括摩尼教在内的研究方向，并预言敦煌学将成为世界显学。敦煌遗书中份量最多的是佛经卷子，并有部分讲唱佛经和佛经故事的变文。陈寅恪不仅发现了宋明小说、宝卷弹词等文学与佛教经典之间的源流，还具体研究了佛经故事在传布过程中的变化形态，他指出，寺院讲经多引故事，而故事一经演讲，便会随其说者听者本身之程度及环境而生变易。他曾以《西游记》为例，对孙悟空、猪八戒、沙僧的原型进行了考证。

　　此外，陈寅恪还常以敦煌经卷证史，用敦煌资料释诗。他曾利用写经题记年代最多的隋朝和唐高宗、武则天时期来求证史书，结果发现与史籍关于当时佛教盛行、佛经广为流传的记载是完全相符的，这就为史书记载的可信程度提供了依据。陈寅恪还运用《敦煌本心王投陀经及法句经跋》解释了白居易的“身委逍遥篇，心付头陀经”和“法句与心王，期君日三复”等诗句。

　　另外，他还注意运用史书记载来解决敦煌资料中提出的问题，以史解经、以史考诗，以及将佛经典籍与变文故事、民俗小说结合起来进行比较研究，以考察中国文学的源流变化，这些治学的方法都为后来的敦煌学研究title();